Vào thế kỷ XVI – XIX, Hội An là một trong những trung tâm kinh tế lớn của Đàng Trong, là thương cảng mậu dịch quốc tế khá phồn thịnh. Từ giữa thế kỷ XVI, các thương nhân châu Âu đã đến Hội An buôn bán, trong đó sớm nhất là thương nhân Bồ Đào Nha (năm 1540). Song hành cùng những thương nhân phương Tây là các nhà truyền giáo, cuộc truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An, Đàng Trong vào thế kỷ XVI không được ghi lại và có lẽ kết quả đạt được cũng không đáng kể vì các nhà truyền giáo đến hoạt động theo từng chuyến tàu buôn và không thông hiểu về ngôn ngữ. Năm 1523, giáo sĩ Duark Coelh đến vùng biển Hội An và đã tạc lên đảo Cù Lao Chàm hình cây Thánh giá lớn để làm lưu niệm. Bắt đầu từ thế kỷ XVII, hoạt động truyền giáo của các giáo sĩ tại Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung gặt hái được nhiều kết quả tốt đẹp.
Năm 1567, người Nhật và người Hoa đến buôn bán chính thức ở Hội An. Được sự cho phép của các chúa Nguyễn, người Nhật và người Hoa đã xây dựng ở Hội An hai thành phố riêng như miêu tả của C.Bori, Thích Đại Sán… Năm 1614, chính quyền Nhật thực hiện chính sách cấm đạo và trục xuất những giáo sĩ nên bắt đầu từ đây có rất nhiều giáo dân Nhật Bản đến Hội An và Tòa Giám mục Macao cũng chuyển hướng truyền giáo sang Việt Nam để giúp đỡ các giáo dân Nhật về mặt tinh thần và tìm kiếm mảnh đất mới. Năm 1615, Tòa Giám mục Macao cử đến Hội An một phái đoàn để lập ra giáo đoàn Đàng Trong. Phái đoàn này gồm có giáo sĩ Francesco Bozomi, Diego Carvalho và ba thầy dòng trong đó có hai thầy dòng người Nhật. Phái đoàn đặt chân lên đất Đà Nẵng ngày 18/01/1615 và lập ở đây ngôi nhà thờ đầu tiên, sau đó vào Hội An - Thanh Chiêm. Đến ngày lễ phục sinh (đầu tháng 4/1615), phái đoàn truyền giáo rửa tội cho 10 giáo hữu tiên khởi, trong gần một năm có hơn 300 người theo đạo và các giáo sĩ xây dựng ngôi nhà thờ thứ hai ở thủ phủ dinh (Thanh Chiêm), công cuộc truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung thực sự khởi sắc. Hội An là điểm đến, lưu trú, giảng đạo của các giáo sĩ nước ngoài trong suốt thời gian dài.

Theo “Hội An Công giáo” (tài liệu kỷ niệm 385 năm giáo xứ Hội An), giáo xứ Hội An được thành lập vào năm 1615 bởi giáo sĩ Bozomi, Carvalho và các thầy dòng. Trong thời gian từ năm 1615 – 1665, ở Hội An có ba cộng đoàn Công giáo. Một cộng đoàn người Nhật có nguyện đường tại địa điểm bây giờ là Đình Cẩm Phô, cộng đoàn người Hoa có nguyện đường ở đường Cantonaise cũ (?), còn cộng đoàn người Việt có nguyện đường ở phường Sơn Phong. Năm 1643, trụ sở truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An là một trong hai trụ sở chính của giáo đoàn Đàng Trong. Trụ sở ở Hội An có nhà chung (nhà thờ) cho bổn đạo và nhà riêng cho giáo sĩ Alexandre de Rhodes và các thầy giảng. Năm 1675, giáo sĩ Conrtaulin xây dựng một ngôi nhà thờ tại Hội An phố. Vào giữa thế kỷ XVII, một số giáo sĩ của Hội truyền giáo ngoại quốc ở Pháp (Hội Thừa sai Pháp – Hội Thừa sai Paris) được cử đến Hội An, người đầu tiên là giáo sĩ Louis Chevreuil (1644), tiếp đến là Lambret la Motte (1659-1679), Luy Laneun (1680-1682)… Những giáo sĩ Hội Thừa sai Paris đã xây dựng ở Hội An trụ sở truyền giáo riêng của mình bên cạnh trụ sở truyền giáo của các giáo sĩ Dòng Tên. Từ cuối thế kỷ XVIII, cùng với những biến động về chính trị - xã hội, công cuộc truyền giáo bị gián đoạn, các ngôi nhà thờ đều bị hoang phế. Năm 1914, một số giáo dân quy tụ về Hội An xây dựng ngôi nhà nguyện mới bằng tranh gỗ tại địa điểm nhà thờ Hội An hiện nay. Hơn 20 năm sau, năm 1935, nó được thay thế bằng ngôi nhà thờ kiên cố theo kiểu kiến trúc Gothique bởi linh mục Pierre Gallioz. Năm 1965, ngôi nhà thờ này bị hạ giải và thay vào đó là ngôi nhà thờ mới với kiểu dáng như hiện nay.

Ngôi nhà thờ hiện tại nằm trong khuôn viên khá rộng, xung quanh có tường rào xây bằng gạch. Lối vào nhà thờ qua cổng tam quan cách điệu hình mái nhà, trên đỉnh cổng đặt hình cây Thánh giá. Phía sau cổng là khoảng sân rộng rãi với bên trái là hang đá lớn nằm bên dưới cây cổ thụ, bên phải là đồi cỏ – giả sơn và khu mộ các vị giáo sĩ phương Tây. Thánh đường được xây dựng theo kiểu kiến trúc “Neo Gothique” kết hợp với lối kiến trúc nhà truyền thống Hội An. 

Theo nhiều nguồn tư liệu, trong lịch sử, nhà thờ ở Hội An từng là điểm đến, nơi cư trú, ẩn trú, truyền giáo của các giáo sĩ Dòng Tên, Dòng Thừa sai Paris ở Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung. 

Nhà thờ Công giáo ở Hội An là một trong những nơi các giáo sĩ sáng lập chữ Quốc ngữ, là nơi giao lưu tiếp xúc văn hóa Đông - Tây. Trong quá khứ, nhà thờ Hội An là nơi mà các giáo sĩ tập trung một số lễ vật - sản phẩm của nền khoa học phương Tây để dâng tặng cho các chúa Nguyễn. 

Để công việc truyền giáo ở Đàng Trong đạt được kết quả tốt, ngoài việc sử dụng các thầy giảng người Nhật hoặc phải thông thạo tiếng Nhật để giao tiếp, các giáo sĩ phương Tây ở tại Hội An còn nghiên cứu tiếng Việt và Latinh hóa âm tiếng Việt. Được sự trợ giúp của các thầy giảng người Việt và một số giáo hữu cũng như vận dụng kinh nghiệm việc Latinh hóa âm tiếng Hoa và tiếng Nhật, các giáo sĩ đã sáng lập ra chữ Quốc ngữ. Người đi tiên phong trong việc nghiên cứu và Latinh hóa âm tiếng Việt là giáo sĩ Di Pina. Ông sống ở Hội An từ năm 1617-1625, là người mà theo A.D. Rhodes nhận xét khi đến Hội An vào năm 1624: “…cha Francesco de Pina thì khác, ông nói tiếng Việt khá tốt và tôi nhận thấy rằng những bài thuyết giáo của ông có ích hơn bài của các cha khác”. Cha Pina đã soạn cuốn “Sách học chữ Quốc ngữ”, nghiên cứu về thanh âm và ngữ pháp. Năm 1624, A.D. Rhodes đến Hội An và học tiếng Việt từ cha Pina, các thầy giảng và em bé người Việt. Sau ba tuần đã nói được tiếng Việt, sáu tháng sau đã thông thạo tiếng Việt. Từ những nghiên cứu của mình khi còn ở tại Hội An cũng như thừa hưởng kết quả nghiên cứu của De Pina và hai cuốn từ điển Việt - Bồ của Amaral 1636-1645), Bồ - Việt của Barbosa 1642-1645), A.D. Rhodes soạn và in hai cuốn sách viết bằng chữ Quốc ngữ Việt đầu tiên là vào năm 1651 là cuốn “Phép giảng Tám ngày”, và “Từ điển Việt - Bồ - Latinh”. Sự ra đời của hai cuốn sách này cũng là thời điểm đánh dấu sự ra đời của chữ Quốc ngữ.
 

Tống Quốc Hưng – Võ Hồng Việt